Проверить скрыт ли фаил Java можно легко, это всё стандартные библиотеки в ядре джава.

Выполним следующий код:


File myFile = new File("c:\\myFile.txt");

if(myFile.isHidden()){
System.out.println("Hidden");
}else{
System.out.println("Not hidden");
}

Результат: в зависимости от скрытости файла Hidden или Not hidden